Desde 1763, o Rio de Janeiro havia se transformado no centro político e administrativo da América Portuguesa. Na época, a importância da cidade não se resumia ao fato de ser a porta de acesso às Minas Gerais. O Rio funcionava como um ponto de articulação mais amplo , pois exercia centralidade no Atlântico Sul em função de suas transações comerciais com Portugal, África e região do Prata.

Com a chegada da família real ao Rio de Janeiro, em 1808, a cidade deixou de ser capital da colônia para virar sede da metrópole portuguesa, o que levou o Rio a ganhar novas instituições (como a Biblioteca Nacional, o Jardim Botânico, o Banco do Brasil etc) e a constituir um funcionalismo público para trabalhar nos diversos serviços criados por D. João. Tais cargos eram distribuídos a apadrinhados de proprietários e aristocratas (portugueses e brasileiros) em troca de apoio político.

O poder que emanava do Rio mantinha a América portuguesa relativamente coesa. Não só pelas articulações políticas de D. João, mas também porque havia um sentimento de subordinação a um soberano, como lembra a historiadora Patricia Maria Alves de Melo, em entrevista à revista Ciência Hoje.

O retorno de D. João a Portugal, por ordem das Cortes de Lisboa, teve consequências no Rio de Janeiro, polarizando as forças políticas no Rio de Janeiro. De um lado, os portugueses, defendendo a recolonização, e de outro, os brasileiros, que pregavam a autonomia da colônia..

Consolidação da centralidade

No fim de 1821, chegaram ao Rio ordens para que D. Pedro retornasse a Portugal. A cidade se incendiou contra essa decisão. Panfletos e jornais diversos  criticavam a volta do príncipe e acusavam os portugueses de quererem recolonizar o Brasil.

O Grito do Ipiranga e a aclamação de D. Pedro como Defensor Perpétuo do Brasil, em 1822, aplacaram os ânimos por apenas um curto período. Muitos, como os indígenas acreditavam que o imperador seria um protetor contra a tirania das elites locais, o que não aconteceu. Os negros viram que o sonho de liberdade não passou de ilusão. E mesmo as elites não eram coesas, em pouco tempo D. Pedro se indispôs com os liberais. 

Conflitos de rua e revoltas tomaram conta do Rio de Janeiro  e de diversas províncias, deflagrando uma verdadeira Guerra da Independência. Havia tanto os que resistiam por lealdade aos portugueses como os que queriam a independência, mas não aceitavam a liderança de D. Pedro, como na Confederação do Equador. 

Para debelar as revoltas, D. Pedro comprou armas, navios e recrutou mercenários. Entre estes o escocês Thomas Cochrane , contratado para comandar a marinha brasileira. O almirante mercenário foi um dos principais responsáveis pela garantia da unidade da América portuguesa como um novo império independente. 

A luta dos populares, principalmente nas regiões Norte e Nordeste, também foi importante na resistência contra os portugueses e no reconhecimento do Rio de Janeiro como centro político-administrativo sob o comando de Pedro I. Tensões, contudo, permaneceram. O projeto político do novo imperador virava as costas para muitos brasileiros.